А они не всегда противоречат. И не только для агностиков. Есть теисты, которые кроме божественного происхождения мира верят ещё и в некоторые научные концепции, например в генетику или механику. Есть верующие учёные, которые считают что есть законы природы, но и бог есть. Первые и вторые отличаются только степенью внимания к той или другой стороны. Агностики тоже разные, я, например, атеистически настороенный агностик, это на грани позитивизма, я просто допускаю наличие бога с небольшой вероятностью, а также полагаю невозможность обоснования как его наличия так и его отсутствия.